Fuente: Andalucía Investiga-J. García Orta

Pregunta (P.-) ¿Por qué crean BioData Mining?

Respuesta (R.-) La idea surge espontáneamente durante una conversación con un colega de la Harvard Medical School, en el verano de 2004. Ambos provenimos del campo de la ingeniería, y comentamos la dificultad de publicar estudios teórico-computacionales aplicados a la biología en la mayoría de las revistas relevantes del campo de la bioinformática, precisamente por el enfoque mayormente experimental de éstas. A partir de esa conversación, contacté con la editorial, presenté una propuesta y, tras una larga fase de negociación, finalmente vio la luz el 17 de julio de 2008.

(P.-) ¿Qué aspectos destacaría de su publicación online frente a otras revistas científicas?

(R.-) En primer lugar, me gustaría destacar que, en general, la mayoría de las editoriales están adoptando la política de publicación online por múltiples razones: facilidad de acceso, rapidez en la comunicación, reducción de costes, etc., pero sobre todo, porque con la gran cantidad de información científica disponible, las búsquedas de artículos relacionados son mucho más eficientes. La comunidad científica se ha beneficiado enormemente de estas características. En segundo lugar, BioData Mining, a diferencia de otras revistas científicas, es open-review, es decir, cuando un artículo es aceptado y publicado, también se publican las revisiones, en sus distintas fases, así como los nombres de los revisores.

(P.-) ¿Qué ventajas aporta el open-review?

(R.-) Desde mi punto de vista, éste es un aspecto distintivo, pues los revisores dejan de ser anónimos y sus críticas son públicas. El impacto que puede tener, principalmente en los jóvenes investigadores, es importante, pues tienen acceso a todo el proceso de revisión: al estado del artículo inicial, a las revisiones, a los nombres de expertos que las han realizado, a las correcciones y, finalmente, a la versión definitiva. Se puede aprender mucho de eso.

(P.-) Uno de los principales focos de interés de la publicación es divulgar artículos de investigación entre las fronteras de la biología y la informática, ¿cómo de fina es esta línea?

(R.-) Pues depende de lo cerca o lejos que uno esté de la línea. La informática puede desarrollar técnicas aplicables a distintas áreas. Se trata, por tanto, de formalizar los métodos computacionales que se proponen para la biología. No obstante, para ello, es necesaria una ósmosis entre biología e informática, es decir, investigadores de ambos campos deben coordinar sus esfuerzos para sustentar nuevos métodos, avalados por el carácter teórico-formal, y validados experimentalmente. En resumen, para un biólogo o un informático, la línea es gruesa; para ambos trabajando juntos, la línea desaparece. Naturalmente, es una revista interdisciplinar, y prueba de ello es la variada formación de su Comité Editorial. Por tanto, y continuando con la metáfora, el objetivo de la revista es que esa línea sea finísima y discontinua.

(P.-) ¿Se inspira la tecnología actual en algunos modelos biológicos?

(R.-) Indudablemente. A lo largo de la historia, la naturaleza ha sido fuente de inspiración científica y, en la actualidad, también tecnológica. Algunos de los inventos más utilizados hoy en día tuvieron inspiración en la naturaleza: el velcro es un buen ejemplo. En robótica o aeronáutica también se emula a la naturaleza. En cuanto a las tecnologías informáticas, existe mayor inspiración en la investigación. Por ejemplo, la denominada computación evolutiva se basa en los principios Darwinianos de evolución de las especies pare resolver problemas de optimización muy complejos, tales como el diseño de fármacos o la predicción de la demanda de electricidad.

(P.-) Según los avances actuales, ¿cómo puede ayudar la informática al ser humano en materias como encontrar el origen de enfermedades, etc.?

(R.-) El avance se produce cuando la informática se introduce en la resolución de problemas complejos, que el humano es incapaz de abordar. Entonces entran en juego dos aspectos: la organización de la información y el procesamiento de la información. Aprovechando sus ventajas, la informática puede ayudar muchísimo al progreso de la humanidad, en cualquier disciplina. Organizar la información de manera óptima para que el procesamiento mediante técnicas computacionales desarrolladas sea eficiente es tarea de un ingeniero en informática. El progreso, es decir, la conciencia social del avance, necesita de algo más. La informática ayuda más cuanta más información se necesite procesar. Ésa es la razón por la que la genómica, que ha producido una ingente cantidad de datos en la última década, está generando nuevos conocimientos en la actualidad. El interés del científico está en generar conocimiento, y éste puede encontrarse en los datos producidos, aunque oculto debido a la gran cantidad y, a veces, poca calidad de los mismos.

(P.-) ¿Cuál es el papel del investigador en todo esto?

(R.-) La informática juega un papel crucial en el descubrimiento de conocimiento, pero finalmente es el experto quien valida los resultados. En el caso que plantea, de encontrar origen de enfermedades, a partir de una larga etapa experimental, los biólogos/médicos generan multitud de datos. Junto con los ingenieros informáticos desarrollan las técnicas para procesar esa información. Finalmente, son los primeros los que interpretan la posible validez de los resultados, y en caso afirmativo, hablamos de conocimiento. Como ejemplo de aplicación informática, la detección de determinados genes que indican si enfermos de un tipo de cáncer podrían responder favorablemente a un tratamiento oncológico antes de someterse a él, repercutiendo no sólo en beneficio económico, sino más importante aún, evitando que los pacientes sufran un tratamiento altamente agresivo sin éxito.

Más información:

Jesus S. Aguilar Ruiz
Escuela Politécnica Superior
Universidad Pablo de Olavide
Tlf: 954 977 940
Email: aguilar@upo.es

www.biodatamining.org