VOLVER

Share

Científicos del CABD desarrollan un programa bioinformático que identifica fragmentos ‘fósiles’ de genes

Fuente: Universidad Pablo de Olavide


03 de noviembre de 2015
Juan Jiménez y Antonio Pérez-Pulido

Juan Jiménez y Antonio Pérez-Pulido

Nada como leer un libro para comprender su contenido, y en eso anda la biología moderna, en plena euforia literaria leyendo genomas a destajo. Las técnicas actuales de secuenciación de ADN hacen que sean miles las secuencias de genomas completos disponibles para su análisis, y como en los libros, leer la secuencia de ADN es posiblemente la mejor forma de entender la información que contienen.

Un aspecto fundamental para entender la información de un genoma consiste en anotar todos sus genes, y en esa tarea es imprescindible el uso de programas bioinformáticos que identifican dónde comienza y dónde termina cada gen. Se conocen ya tantos millones de genes, que una forma práctica para identificar los genes en un nuevo genoma es buscar la existencia de genes parecidos en otros. Pero cuando hablamos de genes muy diferenciados, sin parecido obvio con otros, o genes donde su comienzo y final no es fácil de delimitar, su búsqueda es difícil y con frecuencia estos genes más complejos y novedosos pasan desapercibidos.

Los autores han aplicado el nuevo método al genoma completo de la levadura de fisión, y aun siendo uno de los organismos modelo mejor estudiados, el análisis con AnABlast les ha permitido identificar varios genes nuevos que pasaron desapercibidos en los procedimientos convencionales de anotación de genes. Incluso se encuentran fragmentos “fósiles” provenientes de otros genomas, o de reordenaciones ancestrales, algo que sin duda ayuda a entender la historia evolutiva de cada genoma. Además de la levadura, han demostrado que AnABlast es igualmente útil en genomas de organismos superiores como el del gusano C. elegans, lo que pronto les llevará a realizar el análisis AnaBlast del genoma humano. Los investigadores Juan Jiménez y Antonio Pérez-Pulido, del Centro Andaluz de Biología del Desarrollo (Universidad Pablo de Olavide-CSIC-Junta de Andalucía), han desarrollado una nueva estrategia in sílico para encontrar genes y fragmentos “fósiles” de genes en los genomas, incluso cuando esos genes o fragmentos no tengan parecido con otros genes conocidos, o estén tan fragmentados que no se identifiquen inicio y fin de su secuencia codificadora. La estrategia es parecida a la que se usa para descifrar mensajes codificados de los espías. Aunque no se sepa lo que significa, una pequeña secuencia que se encuentra con más frecuencia que el azar en un texto posiblemente es una secuencia que significa algo, y esa idea, aplicada al análisis de la secuencia de un genoma, es lo que le ha permitido a los autores desarrollar un programa bioinformático (AnABlast), que discrimina dónde hay información con significado biológico simplemente por su alta frecuencia en las bases de datos respecto a la frecuencia por azar. Así, AnABlast permite discernir regiones con genes (que codifican proteínas) de las que no.

En este trabajo ha colaborado el grupo dirigido por Juan Mata, del departamento de Bioquímica de la Universidad de Cambridge (Reino Unido), y se ha publicado en DNA Research, revista especializada en el análisis de genomas.

AnABlast: a new in silico strategy for the genome-wide search of novel genes and fossil regions.
Juan Jiménez, Caia D. S. Duncan, María Gallardo, Juan Mata, and Antonio J. Perez-Pulido. Centro Andaluz de Biología del Desarrollo, Universidad Pablo de Olavide de Sevilla/CSIC, Sevilla, Spain, and Department of Biochemistry, University of Cambridge, Cambridge, UK.
http://dnaresearch.oxfordjournals.org/content/early/2015/10/21/dnares.dsv025.full


Share

Últimas publicaciones

La Fundación Descubre integra la igualdad como eje transversal con la aprobación de su Plan
Andalucía | 15 de septiembre de 2025

El objetivo del Plan, con una vigencia de cinco años, es garantizar la plena igualdad de trato y oportunidades de mujeres y hombres, consolidando un camino ya emprendido por la organización, promovida por la Consejería de Universidad, Investigación e Innovación

Sigue leyendo
La exposición ‘Paseo Matemático al-Ándalus’ de la Fundación Descubre llega a Palma del Río
Córdoba, Palma del Río | 11 de septiembre de 2025

El Espacio Creativo Cultural Santa Clara del Ayuntamiento de Palma del Río acoge la exposición ‘Paseo Matemático al-Ándalus’ de la Fundación Descubre / Consejería de Universidad, Investigación e Innovación de la Junta de Andalucía, una muestra que podrá visitarse hasta el próximo 14 de octubre.

Sigue leyendo
Desarrollan un método para descifrar cómo interactúan las regiones del cerebro
Málaga | 10 de septiembre de 2025

Un equipo de investigación de la Universidad de Málaga presenta una herramienta estadística para identificar de forma precisa conexiones cerebrales incluso cuando la señal está distorsionada e incompleta. Este modelo es aplicable a contextos clínicos como el estudio de enfermedades neurodegenerativas como el Alzheimer o el Parkinson, el procesamiento del lenguaje o el desarrollo neurotecnológico.

Sigue leyendo

#CienciaDirecta

Tu fuente de noticias sobre ciencia andaluza

Más información Suscríbete

Ir al contenido