Construyen una base de datos de un molusco clave para estudiar la contaminación en zonas costeras
Esta investigación del Instituto de Ciencias Marinas de Andalucía, el grupo de ‘Biología molecular de los mecanismos de respuesta a estrés’ y el Servicio Central de Apoyo de la Investigación (SCAI), ambos de la Universidad de Córdoba, que ha identificado distintas proteínas asociadas a 174 procesos biológicos en un tipo de coquina, podría suponer un punto de inflexión en la detección temprana de contaminantes en ecosistemas costeros.
Fuente: Universidad de Córdoba
La Scrobicularia plana es un tipo de coquina distribuido ampliamente por las costas y estuarios del norte de Europa, el Mediterráneo y África Occidental, y, al igual que otros moluscos, se utiliza como bioindicador para estudiar la contaminación en este tipo de ecosistemas debido a su capacidad para acumular metales pesados y contaminantes orgánicos.
Un nuevo trabajo de investigación ha conseguido identificar el transcriptoma y su proteoma asociado de este bivalvo, un hallazgo que podría suponer un salto importante en la detección temprana de contaminantes en zonas costeras. Si el genoma es el contenido de ADN que comprende la información genética esencial para la vida, el transcriptoma incluye sólo la información de los genes que se expresan, mientras que el proteoma es la totalidad de proteínas expresadas en el momento y condiciones específicas. Por ello, su reconstrucción es clave para comprender los efectos moleculares de la contaminación.
A raíz de este hallazgo, el estudio ha conseguido identificar proteínas asociadas a un total de 174 procesos biológicos. Entre ellos, diversas funciones moleculares relacionadas con mecanismos de respuesta al estrés que sufren estos organismos cuando se ven sometidos al efecto de la contaminación.
El trabajo ha partido de una colaboración del Instituto de Ciencias Marinas de Andalucía, el grupo de ‘Biología molecular de los mecanismos de respuesta a estrés’ de la Universidad de Córdoba y el Servicio Central de Apoyo de la Investigación (SCAI) de la institución universitaria, quien se ha encargado del componente bio-informático, clave para la reconstrucción del transcriptoma.
Tras aislar muestras de ARN de este molusco en condiciones controladas, explica la investigadora Carmen Michán, se han extraído pequeñas secuencias genéticas. El estudio ha conseguido combinar tres algoritmos matemáticos para poner en orden todos estos pequeños fragmentos, hasta reconstruir genes enteros y unir todas las piezas de este gran puzle biológico.
Esta herramienta informática proporciona una base de datos sólida para análisis biomoleculares y un faro en el que guiarse para futuros trabajos. Además, según subraya el profesor José Alhama, otro de los investigadores que ha participado en el estudio, «tener esta herramienta aumenta las probabilidades de éxito de nuevas investigaciones, no sólo en estudios con este bivalvo concreto sino en otros moluscos similares». Hasta la fecha, explica el investigador, no se había producido ningún estudio similar en organismos de este tipo. Ahora, este mapa de referencia podría ayudar a detectar mejor el efecto de la contaminación en ecosistemas marinos antes de que los daños sean irreparables.
El trabajo se enmarca dentro del proyecto de investigación EPICS, financiado por el Ministerio de Economía y Competitividad dentro del Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad. Ref. CTM2016-75908-R.
Referencias bibliográficas: Francisco Amil-Ruiz, Ana María Herruzo-Ruiz, Carlos Fuentes-Almagro, Casimiro Baena-Angulo, José Manuel Jiménez-Pastor, Julián Blasco, José Alhamam Carmen Michán. Constructing a de novo transcriptome and a reference proteome for the bivalve Scrobicularia plana: Comparative analysis of different assembly strategies and proteomic analysis. Genomics Volume 113, Issue 3, May 2021, Pages 1543-1553. https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2021.03.025
Últimas publicaciones
Un equipo de investigación andaluz junto con expertos de Reino Unido comprueba que el contenido en compuestos antioxidantes de estos organismos marinos mitiga la emisión de metano hasta un 40%, en una digestión simulada en rumiantes.
Sigue leyendoUn equipo de investigación del Instituto de Agricultura Sostenible de Córdoba (IAS-CSIC) ha analizado más de un centenar de muestras de quinoa cultivada en Andalucía y Extremadura durante dos años. El estudio ha demostrado que tanto el contenido de antioxidantes como grasas saludables depende en gran medida de la genética de la planta, lo que permitirá seleccionar aquellas variedades con mayor valor nutricional que mejor se adapten al clima del sur de España.
Un equipo de investigación de la Estación Experimental el Zaidín de Granada (CSIC), del Centro Tecnológico EnergyLab y de la Universidad de Copenhague ha aplicado una solución a partir de residuos vegetales para reducir la liberación de sustancias nocivas de los desechos de la ganadería porcina. El hallazgo ofrece una alternativa al uso de productos químicos agresivos y abre la puerta a nuevas formas de gestionar el estiércol con menor impacto ambiental.