Avanzan en el descifrado genético de dos especies de lenguado de gran interés comercial
El lenguado senegalés es, junto con el lenguado común, la especie que los investigadores han analizado en este estudio / WIKIMEDIA COMMONS
Los caladeros de lenguado común y lenguado senegalés, ambos de mucha importancia económica debido a la calidad de su carne, se han visto sometidos a una gran explotación que pone en peligro su procreación natural. Con el objetivo de realizar una producción más sostenible, es necesario mejorar las condiciones de su cultivo en piscifactorías para no hacer uso de nuevas partidas de pesca en el proceso. Esto resulta complicado debido a que, al igual que ocurre con casi todos los peces planos, los lenguados, en este caso los del género Solea, son capaces de cambiar de sexo a causa de determinados factores que aún no están totalmente controlados. En los casos del lenguado común y senegalés se añade la dificultad de detectar los cromosomas sexuales, indistinguibles del resto de cromosomas en un cariotipo.
El estudio, “De novo assembly, characterization and functional annotation of Senegaleses sole (Solea senegalensis) and common sole (Solea solea) transcriptomes: integration in a database and desing of a microarray”, publicado en la revista internacional BMC Genomics, ha empleado más de 1.800 millones de lecturas de cada especie de lenguado para obtener el transcriptoma —el conjunto de secuencias que codifican las proteínas de las células— más completo posible de estos animales. Los datos han sido sometidos a un proceso de ensamblaje de novo, es decir, realizado a partir de lecturas sin conocimiento previo acerca del transcrito a ensamblar. El transcriptoma obtenido permite conocer qué material genético se expresa en cada tipo celular en unas condiciones dadas. Estos datos también se han utilizado para identificar nuevos marcadores moleculares, que ayudarían, por ejemplo, a seleccionar lenguados que produzcan más masa comestible en menos tiempo.
La investigación ha arrojado luz sobre otros aspectos hasta el momento desconocidos sobre ambas especies, enormemente parecidas a nivel génico (11.953 genes son prácticamente idénticos entre ellos). Como novedad fisiológica, se ha demostrado que estos tipos de lenguado conservan los genes del cristalino a pesar de haberse adaptado a vivir en los fondos marinos. Esto demuestra que las distintas especies se han adaptado a ver a longitudes de onda largas mediante fenómenos independientes al patrón que antes se asumía para los peces planos que viven en el fondo de los ecosistemas acuáticos.
Captura de pantalla de la SoleaDB, base de datos creada por la Universidad. /SOLEADB
A partir de los transcriptomas elaborados, los investigadores han impreso en una micromatriz los 43.303 transcritos considerados representativos, haciendo posible la realización de futuros análisis prospectivos. El enorme volumen de datos manejado por los expertos ha quedado registrado en una base de datos elaborada por la Universidad de Málaga (UMA) llamada SoleaDB. Como explica el investigador de la UMA, Gonzalo Claros Díaz, responsable de esta parte del proyecto, “en estos registros se muestra la información de todas las condiciones experimentales analizadas”. La incorporación de estos transcriptomas a la SoleaDB facilitará la anotación de la información genómica en estas especies, estudio que se encuentra en curso.
En la investigación, subvencionada por el programa SUDOE de la Unión Europea, también han participado instituciones nacionales, como las Universidades de Cádiz y Barcelona, el Instituto de Investigación y Formación Agraria y Pesquera de la Junta de Andalucía, y el Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries; así como instituciones procedentes de Portugal, Francia y Bélgica.
El estudio, realizado a partir de una población natural formada por millones de alevines y larvas de Solea, pone a disposición de la comunidad científica herramientas genómicas muy valiosas. En los transcritos, indica Claros Díaz, ya se encuentran localizadas parte de las variantes que pueden influir al cambio de sexo, factor decisivo en la sostenibilidad de la producción en cautividad.
Hicham Benzekri, Paula Armesto, Xavier Cousin, Mireia Rovira, Diego Crespo, Manuel Alejandro Merlo, David Mazurais, Rocío Bautista, Darío Guerrero-Fernández, Noe Fernández-Pozo, Marian Ponce, Carlos Infante, José Luis Zambonino, Sabine Nidelet, Marta Gut, Laureana Rebordinos, Josep V Planas, Marie-Laure Bégout, M Gonzalo Claros and Manuel Machado. «De novo assembly, characterization and functional annotation of Senegalese sole (Solea senegalensis) and common sole (Solea solea) transcriptomes: integration in a database and desing of a microarray», BMC Genomics 2014, 15:952. Disponible en línea: http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-15-952
Investigador de la UMA: Manuel Gonzalo Claros Díaz – ORCID > orcid.org/0000-0002-0112-3550
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