Investigadores de la Universidad de Málaga finalizan un proyecto pionero en ‘Big Data’ para facilitar estudios de genómica en ‘la nube’
Fuente: Universidad de Málaga
Los investigadores del grupo BITLAB -tecnologías de la información en bioinformática- del Departamento de Arquitectura de Computadores de la Universidad de Málaga han finalizado con éxito la dirección de un proyecto europeo para el desarrollo de un software informático que procese grandes volúmenes de información genética.
Bajo el nombre de ‘High Performance, Cloud and Symbolic Computing in Big-Data problems applied to mathematical modelling of Comparative Genomics (Mr.SymBioMath)’, el trabajo ha concluido con la puesta en marcha de una plataforma de computación en ‘la nube’ que permite gestionar grandes cantidades de datos sobre la secuenciación del genoma, así como planificar trabajos en dicha infraestructura virtual.
El humano es la única especie de la que se pueden obtener diferentes muestras del genoma de cada individuo. El año pasado ya se contaba con más de 250 mil genomas y se espera que esta cifra aumente a más de un millón y medio durante este 2017. “Es por ello que acelerar el procesamiento de dichos datos es el mayor desafío para la informática en este momento, ya que tanto la Red como los propios computadores convencionales no dan abasto para trabajar con tales volúmenes de información”, explica el investigador principal del proyecto, Oswaldo Trelles, quien también asegura que además de un reto para la comunidad científica, lo es para el ámbito empresarial.
A lo largo del proyecto se han propuesto soluciones tecnológicas a varios aspectos de análisis de datos masivos y su gestión en ‘la nube’ gracias a la colaboración entre la UMA, la empresa RISC software y la Universidad Johannes Kepler de Linz-Austria. En el campo de la genómica se han desarrollado métodos para la comparación rápida de genomas y largas secuencias en general, identificando los grandes eventos evolutivos entre diferentes especies, representándolos gráficamente en realidad virtual y a través de la Red. En este campo, la UMA ha trabajado junto con el Centro de Supercomputación de Leibniz (Munich, Alemania).
En la iniciativa también han colaborado, entre otras instituciones, el Hospital Regional Universitario de Málaga y la empresa Integromics (hoy parte de PerkinElmer) en estudios epistáticos que analizan la relación de la interacción de diversos genes que contienen mutaciones con determinadas enfermedades. El proyecto ha estado financiado por la Unión Europea dentro del programa Marie Curie, que trata de establecer sinergias entre el ámbito académico y empresarial, y coordinado por personal docente e investigador de la Universidad de Málaga.
Otro de los principales éxitos de este proyecto ha sido la creación de sinergias entre el sector empresarial y el ámbito académico, que se ha dinamizado con estancias nacionales e internacionales de investigadores y estudiantes de la UMA que han fomentado sus doctorados internacionales.
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