El circuito de secuenciación genómica del Covid en Andalucía, ejemplo de control de la pandemia

Andalucía cuenta, desde los inicios de la pandemia por el Covid-19, con un circuito asistencial estable y coordinado para la secuenciación genómica de muestras de coronavirus, lo que ha permitido analizar, controlar y monitorizar en tiempo real las características del virus y su incidencia en la comunidad autónoma.

Laboratorio de investigación sanitaria.

Este circuito, único en el país, ha sido destacado en una publicación científica como una iniciativa eficaz en el abordaje, no solo de la pandemia, sino ante futuras pandemias y alertas de salud pública en enfermedades infecciosas. Puesto en marcha por la Dirección General de Salud Pública y Ordenación Farmacéutica, –con el soporte del Servicio Andaluz de Salud–, el circuito ha permitido identificar y analizar las muestras, tomadas directamente de los pacientes infectados, detectándose la presencia de las variantes más comunes (alfa, beta, beta, delta, ómicron, etc.) y de 193 de sus linajes y sublinajes a lo largo de toda la pandemia, conteniendo así un registro epidemiológico extremadamente detallado que da cuenta del paso del virus por Andalucía.

Esta iniciativa se enmarca en la integración de la secuenciación genómica del SARS-CoV-2 en las tareas de vigilancia realizadas por el Sistema de Vigilancia Epidemiológica de Andalucía. Se trata de una red colaborativa estructurada para conocer cómo se ha transmitido el coronavirus en Andalucía desde los inicios, cuáles han sido las zonas con un mayor índice de contagio y también cómo han influido las medidas sanitarias que se han ido implantado, entre otros aspectos.

Además, gracias a la secuenciación genómica, se puede realizar un estudio filogenético del virus, mostrando las mutaciones que experimenta a lo largo del tiempo, sus características y sus posibles relaciones con variantes de otros países o localidades, lo que facilita detectar las introducciones de virus y las cadenas de transmisión. Los resultados de la progresión de este trabajo están disponibles públicamente en la página web: https://www.clinbioinfosspa.es/COVID_circuit/

La utilidad de este circuito también se ha puesto de relieve en otra publicación científica que ha visto la luz recientemente en la revista Viruses. En este artículo, se presenta un estudio único en su género, donde los datos genómicos de las muestras analizadas junto a los datos clínicos de la Base Poblacional de Salud permiten obtener valiosa información como qué linajes son más patogénicos.

Centros que conforman el circuito

La secuenciación de los genomas de los virus está centralizada en los dos hospitales de referencia designados para ello; concretamente, en el Servicio de Microbiología del Hospital Universitario Virgen del Rocío de Sevilla, donde se secuencian las muestras que proceden de centros hospitalarios y de Atención Primaria de la zona occidental de Andalucía (las provincias de Cádiz, Córdoba, Huelva y Sevilla); y el Servicio de Microbiología del Hospital Universitario Clínico San Cecilio de Granada, para las que proceden de la zona oriental (Almería, Granada, Jaén y Málaga). La información obtenida se analiza en la Plataforma de Medicina Computacional (antigua Área de Bioinformática Clínica) de la Fundación Progreso y Salud, en donde se interpreta y se configura un mapa epidemiológico del virus, un trabajo impulsado por la Secretaría General de Salud Pública e I+D+i en Salud de la Consejería de Salud y Consumo.

Hasta llegar a estos centros de referencia, otros hospitales y centros de Atención Primaria son eslabones de la cadena que trabajan de forma coordinada con el Sistema de Vigilancia Epidemiológica de Andalucía, integrado por los profesionales de Salud Pública de los distritos y hospitales, Epidemiología de las Delegaciones Territoriales Provinciales y Servicio de Vigilancia y Salud Laboral. Hoy, y desde que se puso en marcha el circuito, se han secuenciado 30.000 muestras.

El valor de la secuenciación genómica

La incorporación de las técnicas de secuenciación genómica ha permitido mejorar el diagnóstico clínico de las enfermedades infecciosas y, además de identificar patógenos con más precisión que recurriendo a las técnicas tradicionales, la secuenciación genómica puede proporcionar nuevos conocimientos sobre la transmisión de enfermedades, la virulencia y la resistencia a los antimicrobianos. Esta técnica tiene multitud de aplicaciones en virología, bacteriología, resistencia antibiótica y epidemiología y salud pública.

Secuenciar el genoma del virus «es como leer el libro de instrucciones para descifrar su funcionamiento», explica Joaquín Dopazo, director de la Plataforma de Medicina Computacional de la Fundación Progreso y Salud. «Esto permite comparar cada libro de instrucciones y ver semejanzas y diferencias entre ellos que se pueden relacionar con su mayor o menor transmisibilidad o incluso con diferentes sintomatologías de los pacientes», señala.